Η μικροβιολογική εξέταση χρησιμοποιείται για την παρακολούθηση και τον έλεγχο της ποιότητας και της ασφάλειας διαφόρων τύπων νερών. Συγκεκριμένα είναι απαραίτητος ο έλεγχος στο πόσιμο νερό και στο επεξεργασμένο νερό που χρησιμοποιείται για ψυχαγωγικούς σκοπούς (κολυμβητικές πισίνες, πισίνες spa και πισίνες υδροθεραπείας). Επίσης πρέπει να ελέγχονται οι θάλασσες, τα ποτάμια και οι λίμνες που θεωρούνται κολυμβητικές περιοχές, καθώς και οι  ιαματικές πηγές.

ΠΑΡΑΜΕΤΡΟΣ	ΜΕΘΟΔΟΣ	ΔΙΑΠΙΣΤΕΥΣΗ
Total Plate Count @ 37°C	ISO 6222/99
Total Plate Count @ 22°C	ISO 6222/99
Total coliforms	ISO 9308-1/00
Escherichia coli	ISO 9308-1/00
Fecal streptococci	APHA 9230 C
Intestinal enterococci	ISO 7899-2/00
Clostridium perfringens	ΚΥΑ Υ2/2600/2001
Pseudomonas aeruginosa	ISO 16266/2006
Spores Sulfite Reducing Cl.	ISO 6461-2/1986
Enterobacteriacae	ISO 21528-1/2004
Escherichia coli O157	VIDAS UP
Fecal coliforms	APHA 9222 D
Legionella spp.	ISO 11731
Salmonella spp.	ISO 6340
Shigella	APHA 9260 E
Yeast – Moulds	APHA 9610 D

APHA : American Public Health Association